第一天給予單次70 mg負荷劑量的注射用醋酸卡泊芬凈，隨后每天給予50 mg的劑量。本品約需要1小時的時間經靜脈緩慢地輸注給藥。療程取決于病人疾病的嚴重程度，被抑制的免疫功能恢復情況及治療的臨床反應。雖然尚無證據證明使用更大的劑量能提高療效，但是現有的安全性資料提示，對于治療無臨床反應而對本品耐受性良好的病人可以考慮將每日劑量加大到70 mg。
對老年病人（65歲或以上）無需調整劑量。（見老年患者用藥）
無需根據性別、種族或腎臟受損情況調整劑量。
當本品與具有代謝誘導作用的藥物和/或混合有具有代謝誘導/抑制作用的藥物依非韋倫、奈非那韋、奈韋拉平、利福平、地塞米松、苯妥英或卡馬西平同時使用時，應考慮在給予通常的負荷劑量70 mg之后，將本品每日劑量加大至70 mg。
肝臟功能不全的病人 對輕度肝臟功能不全(Child-Pugh 評分5-6)的病人無需調整劑量。但是對中等程度肝臟功能不全(Child-Pugh 評分7-9)的病人，推薦在給予首次70 mg負荷劑量之后，將本品的每日劑量調整為35 mg。對嚴重肝臟功能不全(Child-Pugh 評分大于9)的病人，目前尚無用藥的臨床經驗。

已使用本品70 mg或50 mg治療的病人總數為287人(58人患有對其它治療無效或不能耐受的侵襲性曲霉菌病，229人患有其它真菌感染)。病人的病情均嚴重，而且原有的疾病復雜。在58名對其它治療無效或不能耐受的病人中，出現下列與藥物相關的臨床不良事件，其中發生率超過3％的有 ：發熱（3.4％），靜脈輸注的并發癥（3.4％），惡心（3.4％），嘔吐（3.4％）以及皮膚潮紅（3.4％）。
在所有接受本品治療的病人（總數287人）中，已報告與藥物有關的臨床和實驗室檢查異常一般都是輕微的，而且極少導致停藥。
常見(>1/100) ：
一般情況 ：發熱、頭痛、腹痛、疼痛 ；
胃腸 ：惡心、腹瀉、嘔吐 ；
肝臟 ：肝臟酶水平升高 ；
血液 ：貧血 ；
外周血管 ：靜脈炎/血栓性靜脈炎、靜脈輸注并發癥 ；
皮膚 ：皮疹、瘙癢癥。
實驗室檢查結果 ：已報告與藥物有關的其它實驗室檢查異常有：低白蛋白、低鉀、白細胞減少、嗜酸性粒細胞增多、血小板減少、中性白細胞減少、尿中紅細胞增多、部分凝血激酶時間延長、血清總蛋白降低、尿蛋白增多、凝血酶原時間延長、低鈉、尿中白細胞增多以及低鈣。值得注意的是，在58名患侵襲性曲霉菌病的病人中未發現與藥物有關的血尿素氮（BUN）或肌酐水平升高，而在患有其它真菌感染的229名病人中，僅有1名病人出現與藥物有關的肌酐水平升高。

不建議將本品與環孢霉素同時使用。一些健康受試者在接受兩次劑量為3 mg/kg的環孢霉素且同時使用本品治療后，丙氨酸轉氮酶（ALT）和天冬氨酸轉氨酶（AST）出現不到或等于3倍正常上限（ULN）水平的一過性升高。但停藥后有恢復正常。當本品與環孢霉素同時使用時，本品的曲線下面積（AUC）會增加大約35％ ；而血中環孢霉素的水平未改變。
在兩項臨床研究中發現，環孢霉素（4 mg/kg一次給藥，或3 mg/kg兩次給藥）能使卡泊芬凈的AUC增加大約35％。AUC增加可能是由于肝臟減少了對卡泊芬凈的攝取所致。本品不會使環孢霉素的血漿濃度升高。當本品與環孢霉素同時使用時，會出現肝臟ALT和AST水平的一過性升高。
體外試驗顯示，醋酸卡泊芬凈對于細胞色素P450（CYP）系統中的任何一種酶都不抑制。在臨床研究中，卡泊芬凈不會誘導改變其它藥物經CYP3A4代謝。卡泊芬凈不是P-糖蛋白的底物。對細胞色素P450而言，卡泊芬凈是一種不良的底物。
在健康受試者中進行的臨床研究顯示，本品的藥代動力學不受伊曲康唑、兩性霉素B、麥考酚酸鹽或他克莫司的影響。本品對伊曲康唑、兩性霉素B、或有活性的麥考酚酸鹽代謝產物的藥代動力學也無影響。
本品能使他克莫司（FK-506）的12小時血濃度（C12hr）下降26％。對于同時接受這兩種藥物治療的病人，建議對他克莫司的血濃度進行標準的檢測，同時適當地調整他克莫司的劑量。
群體藥代動力學篩查的結果提示，當本品與藥物清除誘導劑和/或混合的誘導劑/抑制劑同時使用時，可能使卡泊芬凈的濃度產生有臨床意義的下降。這是根據在少數病人中取得的數據得出的結論。在給予這些病人卡泊芬凈之前，和/或在給予卡泊芬凈的同時使用了誘導劑和/或混合的誘導劑/抑制劑依非韋倫、奈非那韋、奈韋拉平、利福平、地塞米松、苯妥英或卡馬西平。因此，當本品與依非韋倫、奈非那韋、奈韋拉平、利福平、地塞米松、苯妥英或卡馬西平同時使用時，應考慮在給予通常70 mg負荷劑量之后，將本品的每日劑量加大到70 mg。

注射用醋酸卡泊芬凈的溶解 ：不得使用任何含有右旋糖(α-D-葡聚糖)的稀釋液，因為本品在含有右旋糖的稀釋液中不穩定。
不得將本品與任何其它藥物混合或同時輸注，因為尚無有關本品與其它靜脈輸注物，添加物或藥物的可配伍性資料。應當用肉眼觀察輸注液中是否有顆粒物或變色。
第一步 溶解藥物中的藥物 ：溶解粉末狀藥物時，將儲存于冰箱中的本品藥瓶置于室溫下，在無菌條件下加入10.5 mL的無菌注射用水、或含有對羥基苯甲酸甲酯和對羥基苯甲酸丙酯的無菌注射用水、或含有0.9％苯甲醇的無菌注射用水。溶解后瓶中藥液的濃度將分別為7 mg/mL（每瓶70 mg裝）或5 mg/mL（每瓶50 mg裝）。
白色至類白色的藥物粉末會完全溶解。輕輕地混合，直到獲得透明的溶液。應對溶解后的溶液進行肉眼觀察是否有顆粒物或變色。保存于25°C或以下溫度的此溶液，在24小時之內可以使用。
第二步 配置供病人輸注的溶液 ：配置成供病人輸注用溶液的稀釋劑為：無菌注射用生理鹽水或乳酸化的林格氏溶液。供病人輸注用的標準溶液應在無菌條件下將適量已溶解的藥物（見下表）加入250 mL的靜脈輸注袋或瓶中制備。如醫療上需要每日劑量為50 mg或35 mg，可將輸注液的容積減少到100 mL。
溶液渾濁或出現了沉淀，則不得使用。
如輸注液儲存于25°C或以下溫度的環境中，必須在24小時內使用 ；如儲存于2-8°C的冰箱中，必須在48小時內使用。輸注液須在大約1小時內經靜脈緩慢地輸注。
病人靜脈輸注液的制備

單劑量卡泊芬凈經1小時靜脈輸注后，其血漿濃度下降呈多相性。輸注后立即出現一個斷時間的α相，接著出現一個半衰期為9-11小時的β相。另外還會出現一個半衰期為27小時的γ相。影響卡泊芬凈血漿清除的主要機制是藥物分布，而不是排出或生物轉化。大約75％放射性標記劑量的藥物得到回收 ：其中有41％在尿中，34％在糞便中。卡泊芬凈在給藥后的最初30個小時內，很少排出或生物轉化。卡泊芬凈與白蛋白的結合率很高（大約97％）。通過水解和N-乙酰化作用卡泊芬凈被緩慢地代謝。有少量卡泊芬凈以原型藥形式從尿中排出（大約為給藥劑量的1.4％）。原型藥的腎臟清除率低。
在一項開放，無對照組的研究中，對患有肺部或肺部以外侵襲性曲霉菌病（IA）的病人（年齡18-80歲）進行了使用本品的安全性，耐受性和療效的研究。這些病人是對其它治療無效（采用其它療法病情繼續發展或沒有改善），或者是不能耐受（腎臟毒性、與藥物輸注有關的反應或其它急性反應）的病人。患肺部曲霉菌病的病人其診斷是確定的，或者是很可能的。而患肺部以外曲霉菌病的病人其診斷都確定的。病人在接受但劑量70 mg的負荷劑量后，每日給藥50 mg。平均持續的治療時間為31.1天（范圍 ：1-162天）。81％的病人為對既往抗真菌治療無效的病人，而且他們中的大多數病人患有血液系統惡性腫瘤，或者接受了同種異體骨髓移植治療。
由一個獨立的專家小組對病人的資料進行了分析。在接受了至少1劑本品治療的病人中，有41％的病人（22/54）治療有效。即所有體征和癥狀以及相關的放射學照片上的病變徹底消失（完全有效），或者出現有臨床意義的改善（部分有效）。病情穩定，又未出現惡化被認為是治療無效。在接受了7天以上本品治療的病人中，有49％的病人（22/45）治療有效。對于既往無效或不能耐受的病人，本品治療的有效率分別為34％（15/44）和70％（7/10）。
另外，還對206名患侵襲性曲霉菌病的病人（與上述研究較好地匹配）的醫療記錄進行了回顧，以便分析標準治療（非研究性）的療效。與本品在開放，無對照組設計的研究中的有效率41％（22/54）相比，既往標準治療的有效率為17％（35/206）。多變量分析的結果顯示，本品的比值比大于3，而且95％可信限大于1，提示使用本品治療將是有益的。